Πτυχιακές και διπλωματικές εργασίες

ακαδημαϊκού έτους 2011-2012

1. Αυτοματοποίηση Πρωτότυπης Μεθοδολογίας Κατάτμησης Εικόνων Πρωτεομικής

Το αντικείμενο της πτυχιακής εργασίας είναι η αυτοματοποίηση πρωτότυπης μεθοδολογίας κατάτμησης εικόνων πρωτεομικής. Η ανάλυση και επεξεργασία των εικόνων αυτών ελλοχεύει προβλήματα λόγω της πολυπλοκότητάς τους όπως: α) ανομοιογένεια υποβάθρου, β) επικάλυψη γειτονικών κηλίδων, γ) δυναμικό εύρος κηλίδων (αχνές-κορεσμένες) και δ) παρουσία θορύβου.

Οι υπάρχουσες μεθοδολογίες και τα υπάρχοντα λογισμικά πακέτα απαιτούν την παρέμβαση του χρήστη, η οποία καθιστά τα αποτελέσματα κατάτμησης υποκειμενικά. Επιπλέον, η περαιτέρω διόρθωση των αποτελεσμάτων κατάτμησης από τους έμπειρους βιολόγους είναι μια χρονοβόρα διαδικασία. Σε αυτή τη πτυχιακή εργασία θα:

1. Υλοποιηθούν και θα ολοκληρωθούν μεθοδολογίες σε περιβάλλον Matlab που βασίζονται στην προσέγγιση των ενεργών περιγραμμάτων καθώς και στην μαθηματική μορφολογία.
2. Αυτοματοποιηθεί μία πρωτότυπη μεθοδολογία κατάτμησης εικόνων πρωτεομικής.

Απαιτούμενες γνώσεις: Αγγλικά,  Matlab.
Επιθυμητές γνώσεις: Επεξεργασία εικόνας.

2. Διαμόρφωση και Επιμέλεια Πρόσθετου Διδακτικού Υλικού στο μάθημα Θεωρία Πληροφορίας και Στοιχεία Κωδίκων

Το αντικείμενο της πτυχιακής εργασίας είναι η διαμόρφωση και επιμέλεια διδακτικού υλικού στο μάθημα Θεωρία Πληροφορίας και Στοιχεία Κωδίκων. Θα μελετηθούν θέματα εφαρμογών πηγών διακριτών μηνυμάτων, πηγών χωρίς μνήμη και πηγών Marcov, δειγματοληψίας αναλογικών σημάτων καθώς και σύγκρισης συστημάτων επικοινωνίας και κωδικοποίηση ελέγχου σφάλματος.

Aπαραίτητες γνώσεις: Θεωρία Πληροφορίας και Στοιχεία Κωδίκων

3. Μέθοδοι αφαίρεσης θορύβου από εικόνες

Το αντικείμενο της εργασίας αυτής συνίσταται στη μελέτη των υπάρχουσων μεθόδων αφαίρεσης θορύβου από εικόνες και η διερεύνηση καινούριων μεθόδων με χρήση τεχνικών ανάλυσης και επεξεργασίας σήματος. Θα αναζητηθούν τρόποι αξιοποίησης διάφορων μετασχηματισμών εικόνας για την αφαίρεση θορύβου. Σε αυτή την εργασία θα:

1. Μελετηθούν μεθοδολογίες της σύγχρονης βιβλιογραφίας που βασίζονται σε τεχνικές επεξεργασίας σήματος.
2. Υλοποιηθούν πρωτότυπες μεθοδολογίες με βάση κάποιο μετασχηματισμό εικόνας που θα επιλεγεί.
3. Υλοποιηθούν υπάρχουσες μεθοδολογίες για λόγους σύγκρισης (εφόσον δεν υπάρχουν διαθέσιμες υλοποιήσεις).
4. Εξεταστεί η απόδοσή τους σε φυσικές, καθώς και σε βιοϊατρικές εικόνες.

Απαιτούμενες γνώσεις: Αγγλικά, Matlab ή C/C++ ή Java
Επιθυμητές γνώσεις: Επεξεργασία εικόνας

4. Σύγχρονες μέθοδοι ταυτοποίησης δεδομένων πρωτεομικής

Τα 2D gels είναι μέθοδοι ανάλυσης του πρωτεόματος των οργανισμών. Σκοπός αυτής της εργασίας είναι η μελέτη και η σύγκριση των σύγχρονων μεθόδων ταυτοποίησης εικόνων 2D gels και ευθυγράμμισης των πρωτεϊνικών κηλίδων που υπάρχουν σε αυτές. Η διαδικασία αυτή συνδράμει στην ανακάλυψη βιοδεικτών για την αναγνώριση παθολογικών καταστάσεων. Σε αυτή την εργασία θα:

1. Μελετηθούν μεθοδολογίες της σύγχρονης βιβλιογραφίας για ταυτοποίηση και ευθυγράμμιση εικόνων 2D gels.
2. Υλοποιηθούν υπάρχουσες μεθοδολογίες με σκοπό την σύγκριση

Απαιτούμενες γνώσεις: Αγγλικά, Java ή C/C++
Επιθυμητές γνώσεις: Επεξεργασία εικόνας

5. Υλοποίηση αλγορίθμων κατάτμησης εικόνας και εφαρμογές στην ιατρική απεικόνιση

Η κατάτμηση είναι, μαζί με την αναπαράσταση, το πλέον καθοριστικό βήμα σε ένα ευρύ φάσμα μεθόδων επεξεργασίας και ανάλυσης εικόνας, καθώς και υπολογιστικής όρασης. Οι σχετικές εφαρμογές εκτείνονται σε όλο το εύρος εφαρμογών της ανάλυσης εικόνας, με πλέον χαρακτηριστική περίπτωση την ανάλυση ιατρικών εικόνων. Αντικείμενο αυτής της εργασίας αποτελεί η μελέτη σύγχρονων μεθόδων κατάτμησης, η υλοποίησή τους και η πειραματική εφαρμογή τους σε εικόνες υπερήχων και πρωτεομικής.

6. Σύγχρονες μέθοδοι ανάλυσης δεδομένων γενομικής και πρωτεομικής

Οι μικροσυστοιχίες DNA και τα 2D gels είναι μέθοδοι ανάλυσης του γονιδιώματος και του πρωτεώματος των οργανισμών αντίστοιχα. Σκοπός αυτής της εργασίας είναι η μελέτη και η σύγκριση των σύγχρονων μεθόδων στην ανάλυση δεδομένων από μικροσυστοιχίες DNA και 2D gels, με εφαρμογή στην αναγνώριση παθολογικών καταστάσεων.

Επιβλέπων: Καθηγητής Δημήτρης Μαρούλης

Πληροφορίες

Για περισσότερες πληροφορίες επικοινωνήσατε με τον Καθηγητή Δημήτρη Μαρούλη, ΕΚΠΑ, κτήριο Πληροφορικής, γραφείο Α53, τηλ. 210-7275307, e-mail: dmaroulisdi.uoa.gr ή  με τους βοηθούς του στο γραφείο Α13.